Vers la fin d'un XIXe siècle imaginaire et particulièrement gothique, le jeune Allen Walker est un exorciste appartenant à un ordre spécial créé par le Vatican, appelé Congrégation de l'Ombre. Le but de cet ordre est d'affronter et d'éliminer des démons appelés Akuma (âme déchue revêtant le corps d'un mort), ainsi que celui qui les crée, le Comte Millénaire, dont le but est de détruire le monde et la race humaine. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d'une Innocence, sorte d'arme personnelle fantastique.
Les Exorcistes sont considérés comme les élus de Dieu. Appelés aussi « Prêtres Noirs » , ils détiennent chacun une Innocence pour combattre les Akuma. Ils sont reconnaissables à leurs longs habits noirs et au crucifix cousu sur leur manteau, au niveau du c½ur. Ils sont les soldats de la Congrégation de l'Ombre, répartis sous plusieurs unités. Chacune des unités correspond à un Maréchal : Marian Cross, Froi Tiedoll, Winters Soccalo et Cloud Nine. Il y avait 5 maréchaux, mais un d'entre eux, Kevin Yeegar, fut tué par Tyki Mikk. Ces Maréchaux sont eux mêmes sous l'ordre de Grands Maréchaux et autres hommes.
La mission des exorcistes est de détruire les Akuma et de trouver les 109 Innocences dispersées dans le monde.
Si jamais Dieu est réfuté ou oublié d'un exorciste, l'Innocence le rejettera, consumant alors peu à peu le corps et l'énergie vitale de son ancien possesseur (cf Suman Dark, volume 5, chapitre 45, épisode 53). Dans la Congrégation, des expériences ont été réalisées, menant à essayer de créer des Exorcistes en insérant une Innocence dans le corps d'un homme qui n'est pas approprié à la recevoir. Est alors crée un « Rejeté » (cf épisode 53).